Tổ của đại bàng biển Steller cao khoảng 15 – 20 m, được xây trên các cây lớn (cao tới 150 m, đường kính 2,5 m). Mùa sinh sản thường vào tháng 2 - 3, còn trứng được đẻ vào tháng 4 - 5. Mỗi lần, con cái đẻ từ 1 - 3 trứng nhưng hầu như chỉ có một con non tồn tại được đến khi trưởng thành. Trứng có màu trắng xanh, với thời gian ấp từ 39 - 45 ngày và sẽ nở. Mối đe dọa đối với trứng của đại bàng Steller đến từ các loài động vật có vú sống trên cây, các loài chim ăn trứng và ăn thịt bao gồm cả chim ưng và gấu nâu. Đến khi trưởng thành thì hầu như loài đại bàng này không có kẻ thù nào.